各地在病种设置上可能稍微有点不同，常见的几种是各地都有，总体来说都差不多。二类慢性病的申请方式有点不同，在确诊后，一些慢性病还需要有时间的限制，或者说要有并发症才能申请备案。审批通过后的慢性病会在医保系统进行备案，备案后在就医的时候直接去医院窗口就能报销，非常方便，而且现在一些慢性病还开通了跨省异地就医直接结算，省外异地就医的也能报销。
二类的慢性病和一类长期治疗类的慢性病有所不同，其主要差别在于二类的慢性病是长期用药，报销的时候会设置年度封顶线，一年只能报销一个固定的金额，这个各个省份有所不同，江西的报销封顶线就是5000元。而且这个是只能报销5000元，即便达到了大病保险的报销起付线也不能超过这个封顶线。一些经济发达的省份和地区封顶线会更高，但是一般都会有，而且这个很多也是经过专家测算，总体来说还是够用的。
慢性病会导致身体变得更差，在治疗时，很多医生和患者会用一些跟慢性病治疗无关的药品，这个容易造成基金出现赤字，不符合基本医疗的原则。所以各地在对慢性病治疗进行法规的时候，会加上一些小目录的限制，一般就是只能报销慢性病及其并发症有关的治疗和用药，其他的费用不予报销。比如说一个高血压慢性病患者，在购买降血压的时候，同时感冒了，需要购买消炎药，这种时候，消炎药就不属于慢性病的报销范围了，一些地方要注意，一些药品要分开处方，不然容易导致整个处方都无法报销。
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